Die meisten mikrobiellen Biofungizide sind für Bienen und andere Insekten unschädlich, aber das gilt nicht unbedingt für alle Botanicals, insbesondere für Pflanzenextrakte. Zum Beispiel können Pflanzenöle zwar eine gute Wirkung auf Krankheiten haben, ihre insektiziden Eigenschaften können problematisch für Bestäuberinsekten und Nützlinge sein.

Die Wirkung eines Produkts auf Nützlinge kann nicht nur seine Akzeptanz bei Gartenbaubetrieben beeinflussen, sondern auch darüber entscheiden, wo es innerhalb eines Spritzprogramms oder Pflanzenzyklus positioniert wird.